Seksi Tindak Pidana Khusus mempunyai tugas melakukan pengelolaan laporan dan pengaduan masyarakat, penyelidikan, pelacakan aset dan pengelolaan barang bukti, prapenuntutan, pemeriksaan tambahan, praperadilan, penuntutan dan persidangan, perlawanan, upaya hukum, pelaksanaan penetapan hakim dan putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan huku tetap, pengawasan terhadap pelaksanaan pidana bersyarat, putusan pidana bersyarat, keputusan lepas bersyarat, dan eksaminasi dalam penanganan perkara tindak pidana khusus di wilayah hukum kejaksaan negeri.
Dalam pasal 972 menyebutkan , Seksi Tindak Pidana Khusus menyelenggarakan fungsi sebagai :
- Penyiapan bahan penyusunan rencana dan program kerja
- Pelaksanaan penegakan hukum di bidang tindak pidana khusus di kejaksaan negeri
- Koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan kebijakan di bidang tindak pidana khusus di kejaksaan negeri
- Pelaksanaan hubungan kerja dengan instansi atau lembaga baik di dalam maupun di luar negeri di kejaksaan negeri ; dan
- Pemantauan, analisisis, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan kegiatan di bidang tindak pidana khusus di kejaksaan negeri